Аспирантура в ВНТУ была открыта в 1976 году. Докторантура - в 1988 г. Подготовка магистров началась в ВНТУ в 1991 году - впервые в Украине как эксперимент, наработки которого были впоследствии использованы и используются другими вузами Украины.

Университет имеет эффективную систему подготовки ученых кадров высшей квалификации, которая не имеет аналогов. Подготовку научно-педагогических кадров осуществляют в аспирантуре по 21 специальности и в докторантуре по 2 специальностям, функционируют 5 специализированных ученых советов с правом принятия к рассмотрению и проведение защит докторских и кандидатских диссертаций.

Характерной особенностью новой технологии подготовки научных кадров высшей квалификации есть то, что будущие претенденты на ученые степени, как правило, должны закончить магистратуру, в которую отбираются лишь те выпускники бакалаврата, которые во время бакалаврской подготовки проявляют способоность к научным исследованиям; во-вторых, эти претенденты на научные степени в магистратуре обязаны освоить методы генерации новых знаний, написать и защитить магистерские диссертации, которые составляют 30%-40% будущих кандидатских диссертаций, опубликовать основные результаты магистерских работ и сдать экзамены магистерского минимума по философии, иностранному языку и специальности, программы которых соотвествуют программам кандидатских экзаменов, которые им зачисляются в качестве вступительных в аспирантуру.

Преимущества этой технологии перед другими состоят в том, что, вступив в аспирантуру, аспиранты не теряют время на поиск темы и руководителя, на ознакомление с научными роботами других авторов в выбранном научном направлении, на освоение методики постановки экспериментов и обработки его результатов, на выработку навыков написания статей и оформления отчетов о научной работе - всем этим они овладевают еще на этапе магистерской подготовки. Реализует эту технологию созданный на базе Департамента магистерской подготовки и отдела аспирантуры Институт магистратуры, аспирантуры и докторантуры (ИнМАД).

В соответствии с концепцией развития, принятой в 1990 году, были разработаны и утверждены в 1991 году новые экспериментальные учебные планы и программы трехступенчатой системы подготовки специалистов с высшим техническим образованием бакалавр-инженер-магистр. Обучение магистров была организовано по методике, разработанной в ВНТУ с учетом мирового опыта. Выпуск магистров, состоявшийся в ВНТУ в 1996 году, был первым выпуском магистров в Украине среди тех, которые все 5 лет обучения учились по специальным учебным планам.

Для продолжения научного исследования особенностей магистерской подготовки специалистов по трехступенчатой системе обучения, разработки и внедрения перспективных методик и алгоритмов магистерской подготовки в ВНТУ, в период с 01.04.97 г. по 31.12.99 проводилась НИР на тему "Исследования особенностей и разработка структуры и содержания магистерской подготовки по техническим наукам в контексте методологии генерации новых знаний", результаты которой в полном объеме внедрены в Винницком государственном техническом университете, что существенно повысило качество магистерской и связанной с нею аспирантской подготовки.

Для осуществления координации действий созданный в 1996 году Департамент координации магистерской подготовки в 1997 году был объединен с отделом аспирантуры и переименован в Департамент магистратуры, аспирантуры и докторантуры (ДМАД).

С целью усовершенствования организационных форм и повышения эффективности непрерывной подготовки научных кадров высшей квалификации от магистра через первую ученую степень кандидата наук до второй ученой степени доктора наук на базе ДМАД в 2000 году создан Институт магистратуры, аспирантуры и докторантуры (ИнМАД).